员工自行缴纳社保的合法性及处理，可能因以下特殊情况受影响：
1、非全日制用工且多单位就业：根据规定，非全日制员工可与多家单位建立劳动关系，各单位需为其缴纳工伤保险费。此时员工自行缴纳社保（如养老、医疗），需注意工伤保险仍应由用人单位缴纳，否则社保缴纳不完整。
2、异地已以灵活就业身份参保：员工若因户籍等原因在异地以灵活就业身份自行缴社保，且与本地企业存在劳动关系，企业仍需在本地为其办理社保登记并缴纳社保费，不能以此为由拒绝，否则企业违法。
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员工自行缴社保时，实践中常见以下错误操作：
1、企业以员工自愿为由拒缴：部分企业与员工约定由员工自行缴纳社保并给予补贴，这种做法违法。即便员工自愿，企业的社保缴纳义务也不能免除，劳动关系存续期间企业必须依法缴纳单位部分。
2、员工误以为自行缴纳即完成企业义务：有些员工自行以灵活就业身份缴社保后，便认为企业无需再为其缴纳职工社保，忽略了企业的法定义务，导致无法享受完整的职工社保待遇（如失业保险、工伤保险等），损害自身权益。
3、离职后未及时办理社保转移：员工离职后转为自行缴社保，若未及时将职工社保转移为灵活就业社保，可能导致缴费中断，影响医保报销、养老金计算等权益，这也是常见错误。

若企业存在上述错误行为或员工自身操作不当，可能引发社保权益纠纷，建议及时纠正，您可咨询我为您提供解答，避免权益受损。
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员工自行缴纳社保是否合法，需结合具体情况判断：
员工自行缴社保在特定情形下合法，但企业未依法为其缴纳社保则不合法。具体如下：
- 员工属于无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社保的非全日制从业人员或其他灵活就业人员，自愿以个人身份参加社保（如养老、医疗），符合《社会保险法》中灵活就业人员参保规定，是合法的。
- 若员工与企业存在正式劳动关系，员工自行缴社保不能免除企业的法定缴纳义务。即使员工自愿，企业未按规定办理社保登记并缴纳单位部分，仍属违法，因为用人单位和职工应共同缴纳社会保险费。
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员工自行缴纳社保是否合法，需依据《社会保险法》分析：
《中华人民共和国社会保险法》第五十八条规定：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。”

结合问题，若员工与企业存在劳动关系，企业必须在30日内为其办理社保登记并共同缴纳社保费，员工自行缴纳不能替代企业义务，企业未履行即违法；若员工是灵活就业人员，自愿以个人身份办理社保登记并缴纳社保费，符合上述法条中“自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户等”情形，此时合法。因此，员工自行缴社保是否合法，关键在于是否与企业存在劳动关系及是否属于法定灵活就业参保情形。

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